Yeditepe Üniversitesi Fizik Doktora Programı 2004 yılından bu yana aralıksız doktora eğitimi vermektedir. Program ders, yeterlilik ve tez kısmından oluşmaktadır. Bu eğitim süresince öğrencilerin seminer dersi, fizik derslerinden 5 tane seçmeli ve serbest seçmeli derslerden de 2 ders alarak zorunlu derslerini en fazla 4 dönemde tamamlamaları gerekmektedir. Yüksek lisans süresinde araştırma metotları dersi almayan öğrencilerin bu dersi doktora sırasında almaları gerekmektedir. Derslerden başarılı olan öğrenciler yeterlilik sınavından sonra tez çalışmalarına başlayarak en geç 12 dönemde bu eğitim tamamlamak durumundadırlar.
Fiziğin temel alanları klasik mekanik, kuantum mekaniği ve elektromanyetizma hakkında güçlü bir altyapı sahibi olur.