Yeditepe Üniversitesi Matematik Doktora Programı 2003 yılından itibaren aktif olarak öğrenci yetiştirmektedir. Doktora programı, doktora derslerinin tamamlanmasının ardından yapılan doktora yeterlilik sınavında başarılı olunmasıyla başlayan tez sürecini içermektedir. Doktora derslerinde süresince öğrenciler 7 Matematik Seçmeli dersi ve bir seminer dersini en fazla 4 dönemde tamamlamaları gerekmektedir. Yüksek lisans süresinde araştırma metotları dersi almayan öğrencilerin bu dersi doktora sırasında almaları gerekmektedir. Derslerden başarılı olan öğrenciler yeterlilik sınavından sonra tez çalışmalarına başlayarak toplamda en geç 12 dönemde doktora eğitimlerini tamamlamak durumundadırlar.